सूक्ष्म जीव (microorganism) बहुत छोटे जीव होते हैं जिन्हें हमारी नग्न आंखों से देखा नहीं जा सकता। उन्हें देखने के लिए एक विशेष उपकरण, जिसे सूक्ष्मदर्शी (microscope) कहते हैं, की आवश्यकता होती है।

इनका आकार आमतौर पर माइक्रोमीटर (micrometer या µm) की श्रेणी में होता है, जो कि एक मीटर का दस लाखवां हिस्सा होता है। कुछ सूक्ष्म जीव, जैसे कि वायरस, इससे भी छोटे होते हैं और नैनोमीटर (nanometer या nm) की श्रेणी में आते हैं।

कुछ सामान्य सूक्ष्म जीवों के आकार का एक अनुमान इस प्रकार है:

• बैक्टीरिया (Bacteria): इनका आकार आमतौर पर 0.5 से 5 माइक्रोमीटर तक होता है।
• वायरस (Virus): ये बहुत छोटे होते हैं, इनका आकार लगभग 20 से 400 नैनोमीटर तक होता है। (एक माइक्रोमीटर में 1000 नैनोमीटर होते हैं)।
• यीस्ट (Yeast - एक प्रकार का कवक): इनका आकार आमतौर पर 3 से 4 माइक्रोमीटर होता है, लेकिन कुछ प्रजातियां 40 माइक्रोमीटर तक भी हो सकती हैं।
• प्रोटोजोआ (Protozoa): ये आमतौर पर बैक्टीरिया से बड़े होते हैं, इनका आकार 10 से 50 माइक्रोमीटर या उससे भी अधिक हो सकता है।

संक्षेप में, सूक्ष्म जीव अपने नाम के अनुरूप ही "सूक्ष्म" होते हैं और उन्हें देखने के लिए उच्च आवर्धन (high magnification) की आवश्यकता होती है।